菌群移植（FMT）适用疾病，全球指南公认的标准适应症：复发性 / 难治性艰难梭菌感染（CDI），疗效明确，治愈率可达 85%~90%。其余疾病大多属于临床探索 / 研究阶段，不是一线常规治疗，需要在医院评估后，常规治疗效果不佳时酌情选用.
菌群移植能治疗哪些疾病，主要有五大类疾病。
一、消化系统疾病
1. 复发性、难治性艰难梭菌感染（CDI）【指南推荐】
2. 炎症性肠病：溃疡性结肠炎、克罗恩病（轻中度，常规药物效果差时）
3. 功能性胃肠病：顽固性便秘、肠易激综合征、菌群紊乱相关慢性腹泻
4. 肝病：肝硬化、肝性脑病
5. 放化疗后放射性肠炎、造血干细胞移植后肠道移植物抗宿主病（GVHD）
二、神经与精神类疾病（肠脑轴方向临床研究）
- 自闭症谱系障碍（孤独症）
- 抑郁症、焦虑症、抽动症、多动症
- 帕金森病、阿尔茨海默病、癫痫等
三、代谢类疾病
肥胖、2 型糖尿病、非酒精性脂肪肝、代谢综合征、高血脂
四、免疫、过敏、皮肤相关疾病
过敏性皮炎、自身免疫性肝炎、强直性脊柱炎、部分自身免疫病（研究阶段）
五、肿瘤相关探索
用于改善免疫治疗响应、缓解放化疗导致的肠道损伤（临床试验阶段）